Không còn lựa chọn nào khác, mẹ quyết định đưa Totto-chan đến trường Tomoe, một ngôi trường độc đáo. Tại đây, lớp học được tổ chức trong những toa xe điện cũ, cho phép học sinh tự do thay đổi chỗ ngồi mỗi ngày và chọn môn học theo ý thích. Đặc biệt, sau khi hoàn thành bài học, các em còn có cơ hội đi dạo cùng cô giáo. Điều thú vị là thầy hiệu trưởng luôn sẵn sàng lắng nghe Totto-chan kể chuyện trong suốt bốn giờ. Nhờ trải nghiệm tại ngôi trường đặc biệt này, Totto-chan, một cô bé hiếu động và cá biệt, đã học hỏi được nhiều điều quý giá, giúp cô trưởng thành và trở thành một người mạnh mẽ hơn.