Cốt truyện của "Yuragi-sou no Yuuna-san" xoay quanh Kogarashi, một chàng trai có khả năng nhìn thấy và trừ tà. Sau khi chuyển đến một ngôi nhà nghỉ suối nước nóng bị ma ám, Kogarashi phát hiện ra bạn cùng phòng của mình là một cô ma nữ tên Yuuna, đang tìm cách siêu thoát. Khi chấp nhận giúp đỡ Yuuna, cậu nhận ra nơi này còn nhiều bí ẩn và thử thách khác đang chờ đợi. Cùng với sự xuất hiện của nhiều nhân vật nữ, câu chuyện bắt đầu với những tình huống hài hước và harem đặc sắc.