Trong thế giới của Thám tử lừng danh Conan, Shinichi Kudo, một thám tử học đường tài năng, gặp phải một biến cố bất ngờ khi chứng kiến một vụ án mạng khủng khiếp. Sau khi phát hiện ra một tổ chức tội phạm bí ẩn, cậu bị ngất xỉu và tiêm thuốc độc, khiến cậu biến thành một cậu bé tiểu học tên Conan Edogawa. Để tránh sự truy đuổi của tổ chức áo đen và tìm kiếm thuốc giải, Conan phải ẩn danh dưới vỏ bọc mới của mình, sống cùng với cô bạn thân Ran Mori và tiến sĩ Hiroshi Agasa. Từ đây, cuộc phiêu lưu điều tra của cậu bắt đầu, vừa đấu tranh để tìm lại bản thân, vừa giải quyết những vụ án hóc búa.
