Trong "Shadowverse Flame", nhân vật chính mới, Light Tenryu, bước vào bối cảnh của trường Cao đẳng Shadovar, nơi đào tạo những người chơi chuyên nghiệp trong trò chơi Shadowverse. Là một học sinh chuyển trường, Light quyết định tham gia câu lạc bộ "Seventh Flame", nhưng câu lạc bộ này đang đứng trước nguy cơ đóng cửa vì thiếu thành viên. Để cứu vớt Seventh Flame, Light quyết tâm chiêu mộ thêm thành viên. Tuy nhiên, anh sẽ phải đối mặt với những đối thủ đáng gờm, những người sở hữu và kiểm soát nhiều loại thẻ khác nhau. Cuộc chiến để duy trì sự tồn tại của câu lạc bộ hứa hẹn sẽ đầy kịch tính và thách thức.