Hàng nghìn năm sau sự kiện của NieR, cuộc chiến khốc liệt giữa những người máy còn lại của nhân loại và đội quân máy móc xâm lược từ thế giới khác đã bùng nổ. Với sự bất mãn của mình, dân số Trái đất đã phải rút lui lên Mặt trăng. Để giành lại hành tinh, nhân loại thành lập biệt đội "YoRHa" – một đơn vị droid chiến đấu, sẵn sàng tham gia cuộc xung đột khốc liệt. Mặc dù không có tên thật và bị từ chối cảm xúc, các android lại nổi bật với thái độ khác biệt của mình. Dưới sự chỉ huy của "Bunker," trụ sở của YoRHa trên quỹ đạo, họ bắt đầu thiết lập lực lượng phản kháng trên Trái đất, quyết tâm đẩy lùi máy móc xâm lược.
