Viện Nghiên cứu Thiên niên kỷ là một trung tâm tư vấn nơi tiếp nhận những yêu cầu kỳ lạ và bí ẩn. Đứng đầu viện là Ichirou Umoregi, được biết đến với biệt danh "Akuma-kun" – một cậu bé thiên tài xuất hiện một lần trong 10.000 năm. Dù sở hữu trí tuệ vượt trội, Akuma-kun lại chưa biết rõ về gia đình của mình. Để tìm ra nguồn gốc của bản thân, Akuma-kun cùng với cộng sự Mephisto III quyết tâm khám phá những bí ẩn xung quanh mình, đồng thời giải quyết những vụ án kỳ quặc trong hành trình của cặp đôi thám tử đầy hấp dẫn này.
